实验室依托厦门大学环境与生态学院、生命科学学院、海洋与地球学院的环境科学、水生生物学、海洋科学等国家重点学科以及生态学福建省重点学科开展人才培养，是我国滨海湿地和海洋环境科学领域人才培养的重要基地之一。依托学科环境科学与工程、生态学、海洋科学均形成了“本－硕－博－博士后”完整的人才培养体系。评估期内，跨院系跨学科专业培养的学生达128人。

实验室注重与国内科研院所的人才交流和联合培养。自2014年以来，实验室启动与中国科学院城市环境研究所联合创办“城市环境与健康菁英班”，涵盖滨海湿地、城市环境与生态、海洋环境科学等领域，充分利用校所双方优势资源，共同培养创新型高层次人才。该培养模式是实验室在厦门大学的首创。自2014年，双方每年遴选30名优秀本科生进行联合培养，开启新培养模式的尝试。

实验室国际化人才培养特色明显。实验室积极资助或支持学生获得国家基金委资助前往欧美等深造，提升人才的国际化视野。评估期间，实验室共有24名学生受资助前往美国伍兹霍尔海洋研究所、美国马里兰大学、英国普利茅斯海洋研究所、日本东京大学等一流高校和科研机构学习，毕业后进入国家海洋局、暨南大学等单位继续从事相关科研工作，成为国家高素质人才。此外，实验室通过与美国圣地亚哥州立大学、瑞典隆德大学、香港城市大学、香港大学及一批台湾高校联合定期举办研究生、本科生暑期学校、科研训练项目等形式，培养学生国际化视野和沟通、交流能力，激发学生的创新力，提升他们的科研素质，同时也推动了实验室的国际化进程。