实验室十分重视公用平台的建设，近年来围绕学科前沿和国家、地方战略需求，重点建设了3个中心平台（海陆移动科研平台、海洋监测与信息服务平台、海岸带可持续发展培训中心）和6个功能实验室（同位素示踪、海洋环境监测、环境水化学、水域生态学、近海动力学、GIS与遥感技术），向科研人员提供全面开放服务，为创新性研究提供技术支撑。其中海陆移动科研平台拥有全国唯一的省级地方管理的海洋综合调查船“延平2号”（800吨），另有已列入国家海洋调查船队的“海洋2号”（76吨），在满足实验室区域生态环境研究的的同时，实验室积极参与国家自然科学基金委员会倡导的区域公共调查船共享体系，连续8年获得国家自然科学基金委员会支持的“台湾海峡共享航次”，组织台湾海峡长时间序列断面观测，为台湾海峡生态系统和环境演变研究提供条件支撑，三年来组织实施完成近40项国家自然科学基金项目（包括海洋物理、化学、生物和生态、地质等）的现场调查研究任务。同时还拥有“车载水质移动监测平台”，将水质、生物、气象等监测设备科学合理地集成于一台监测车上，在现场连续观测水环境的化学与生物学等参数的移动实验室，为流域海岸带调查研究提供了良好的支持。